Localizado na Nave Sul o Trono de Nossa Senhora Aparecida está em um grande totem dourado, “vestida de Sol”, com diz a citação do livro do Apocalipse (Ap 12,1).
A imagem original encontrada no século dezessete, feita em barro paulista, está entronizada em um nicho com detalhes em pastilhas de porcelana, pintadas a ouro.
O nicho, em seu interior, possui detalhes simbólicos da ‘pesca milagrosa’, momento em que a Imagem foi encontrada pelos três pescadores, nas águas do Rio Paraíba. O retábulo tem quase 37 metros de altura. O primeiro Retábulo do Trono de Nossa Senhora foi construído em 2004, já o atual foi finalizado no dia 31 de agosto de 2011.
O vidro blindado que foi utilizadopesa 205 kg, com a colocação do Nicho da Imagem tem um peso de 500 kg. O novo Nicho é decorado com mosaicos de ouro dourado com desenhos de peixes na parte de visitação dos romeiros e ouro branco com desenhos de flores aquáticas na capela reservada, todo este projeto é do Artista Plástico Cláudio Pastro.
Os mosaicos são feitos em forma irregular para que se tenha sensação de movimento, e tudo sai de Nossa Senhora e vai em sentido ao coração do povo, o dourado é mais poroso do que o ouro branco que é feito em efeito de linha.