Em 24 de junho de 1888 Dom Lino D. R. de Carvalho, bispo de São Paulo inaugurou a igreja conhecida como ‘Igreja de Monte Carmelo’ (Basílica Velha).
A igreja, hoje conhecida por Basílica Velha, foi reformada e ampliada no ano de 1768. O primeiro vigário do Santuário foi o padre Joaquim Pereira Ramos.
Em 1893 a Matriz Basílica recebeu o título de Episcopal Santuário de Nossa Senhora da Conceição Aparecida, assinado por Dom Lino Deodato Rodrigues, bispo de São Paulo em 28 de novembro.
No ano de 2004 a Matriz Basílica de Aparecida passou por uma restauração e sua reinauguração aconteceu em fevereiro de 2015.
